El inmueble que alberga al museo es considerado uno de los edificios públicos más antiguos en funcionamiento de Baja California. A fines del siglo XIX fue ocupado por la Compañía Americana con el objeto de vender lotes en Ensenada y posteriormente fue la Aduana Marítima. El edificio es de estilo victoriano y fue construido en Inglaterra y traído para ser ensamblado en el puerto.
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